Ondanks dat veel verschillende disciplines elkaar goed verdragen, geldt dat niet voor wetenschap en religie. Hoewel bijvoorbeeld kunst en wetenschap elkaar stimuleren is er geen groter verschil denkbaar dan tussen een creationist en een evolutionist. Beiden staan lijnrecht tegenover elkaar. Toch zijn er wetenschappers die religieus zijn, zij zijn blijkbaar in staat om wetenschap en religie met elkaar te verzoenen.

Stephen Jay Gould geeft in zijn essay “non overlapping magisteria” een mogelijke verklaring waarom de wetenschappelijke en religieuze wereld elkaar niet altijd hoeven te bijten. Hij claimt dat beide elkaar nooit overlappen. Elk heeft zijn eigen leer en gereedschappen. Terwijl de wetenschap zich bezig houdt met de wereld en hoe deze werkt, houdt religie zich bezig met zingeving en moreel besef. Omdat beide zich niet op hetzelfde gebied begeven komen ze dus ook niet met elkaar in conflict. Gould heeft de term “magisteria” geleend uit een geschrift van Paus Pius de XIIe. In diens ”Humani Generis” uit 1950 staat deze Paus de Katholieken toe om de hypothese van een lichamelijke evolutie te overwegen zolang zij de goddelijke schepping van de ziel maar accepteren.

Aangezien volgens Gould meer dan 70% van de mensheid in een God gelooft en dit geloof niet met de evolutietheorie is te vereenzelvigen concludeert hij dat religie zich op een ander niveau afspeelt dan wetenschap. Met zijn non overlapping magisteria grijpt Gould terug op de opvattingen van William van Ockham. Deze 14e eeuwse Franciscaner monnik sprak al over de onoverbrugbare kloof tussen weten en het geloven. Terwijl de wetenschap de wereld met logica en rationaliteit mocht benaderen vond van Ockham dat de wegen van God niet op die manier toegankelijk waren. Voor Ockham was God de enige entiteit die niet bewezen hoefde te worden.

Stephen Jay Goulds argument is elegant en staat iedereen toe om tegelijkertijd in twee schijnbaar tegenstrijdige wereldbeelden te geloven. Toch klopt het niet dat beiden magisteria elkaar niet overlappen. Religie beperkt zich niet tot zingeving en moraal. Als wonderen bestaan en gebed zin heeft dan legt religie wel degelijk een claim op de materiële wereld en dus op de wetenschap.

De felste kritiek op Goulds argumenten komt van Richard Dawkins. Hij stelt dat een universum met een bovennatuurlijke entiteit een kwalitatief ander universum is dan één zonder deze aanwezigheid. Het verschil zou aantoonbaar en dus wetenschappelijk zijn. Tevens stelt hij dat religie elk wetenschappelijk bewijs voor het bestaan van God meteen zou omarmen. Als men met DNA zou kunnen bewijzen dat Jezus geen aardse vader had zou men het argument van niet overlappende magisteria al snel laten vallen.